DATA / SHAPE

DATA

序列数据

Sequence

FASTQ、BAM、VCF

VISUAL LANGUAGE

序列浏览器、覆盖度图、变异轨迹

FASTQ、BAM、VCF

CONTENT STATUS机器核验通过REVIEWED2026-07-20SOURCES2 个来源

CONTEXT / PATH

一条数据记录不是终点。沿着这条路径，可以回到方法，也可以继续进入关系和指标。

01 · METHOD

测序 PCR

02 · DATA序列数据Sequence03 · GRAPH数据 → 特征从记录中提取可比较的特征04 · INDEX测量口径单位、范围与不确定性

PRODUCED BY

哪些方法会产生它？

FIELDS

一条记录由哪些字段组成？

EXAMPLE / STRUCTURESequence

PUBLIC RECORD / REFERENCESRR390728公开 Run 记录示例；实际分析仍需查看 BioProject、BioSample、平台和文件格式元数据。核验：2026-07-26 · SRA public archive打开 NCBI Sequence Read Archive

字段含义示例

read_id一条读段的唯一标识read_1042

position读段对应的基因组位置chr7:55,086,724

base当前位置的碱基或片段A / C / G / T

quality测序信号的质量估计Q38

DIMENSIONS

它记录哪些维度？

位置
碱基
质量
样本

QUALITY

需要保留什么质量信息？

读长
深度
比对率
质量值

GOVERNANCE

使用这类数据前要确认什么？

UNITS / 量纲

单位与口径

碱基位置：bp
读段长度：bp
质量值：Phred

MISSING / 缺失

缺失值规则

缺失位置、低质量读段和未确定碱基必须区分记录，不能统一当作 0。

PRIVACY / 隐私

隐私与访问

人类样本可能受同意范围和受控访问限制；公开入口不等于所有原始数据均可自由下载。

INTERPRETATION

从原始记录到可分析结果

层级问题示例边界

原始记录仪器实际留下什么？FASTQ、BAM、VCF先检查质量、缺失和批次。

分析特征可以比较什么？位置 · 碱基 · 质量 · 样本特征不等于机制或诊断。

研究指标如何形成可定义的测量？单位、范围、时间窗口必须注明样本和适用人群。

RELATIONS

从数据进入下一层

特征原始数据如何成为可分析特征关系特征之间如何形成研究关系指标定义单位、范围和不确定性

SOURCES / EVIDENCE

来源与证据状态

机器核验通过

专业数据库NCBINational Library of Medicine

当前数据形态页是方法与数据的结构化入口；具体数据集、版本和下载地址仍需在来源中心逐条补充。

查看万灵图志的编辑与 AI 自查方法

TRACE / SOURCES

从数据形态回到来源入口

02 SOURCES

NCBINational Library of Medicine · 访问日期待补

45 个站内内容节点 · 版本信息待核对

原始来源

DNA Sequencing Fact SheetNational Human Genome Research Institute · 访问于 2026-07-19

3 个站内内容节点 · 版本：accessed 2026-07-19

原始来源

追溯路径只说明“这条内容从哪里来、覆盖了什么”，不自动代表来源支持所有推断。阅读健康与医学内容时，还需同时核对研究人群、时间窗口和限制条件。

FORMATS可用格式

SRA · FASTQ · BAM / CRAM

METADATA字段字典入口打开官方说明

TERMS许可与访问

访问和再利用条件以具体 SRA 记录及提交者声明为准。

CHECKSUM校验摘要

待实际抓取文件后记录