先看输入,再看输出。
测序、成像、质谱和传感器不是同一种语言。只有把样本、输出格式、质量控制和限制放在一起,数据才具备可解释性。
方法输入输出图形
DNA 测序DNA 样本 · 文库序列读段 · 覆盖度 · 变异序列浏览器、覆盖度图、变异图谱
PCR模板 DNA/RNA · 引物扩增曲线 · 目标片段 · 相对定量循环扩增曲线、引物定位图
显微镜细胞或组织样本 · 标记物二维/三维图像 · 空间坐标 · 形态特征细胞图像、分割轮廓、空间图谱
质谱提取物 · 蛋白质或代谢物质荷比 · 峰图 · 相对丰度质谱峰图、代谢通路图
单细胞组学单细胞悬液 · 条形码表达矩阵 · 细胞聚类 · 细胞状态降维图、热图、细胞图谱
CRISPR 基因编辑靶序列 · 引导 RNA编辑结果 · 表型变化 · 脱靶评估靶点定位、编辑前后对照
流式细胞术细胞悬液 · 荧光标记单细胞事件 · 群体比例 · 荧光强度散点图、直方图、门控树
空间组学组织切片 · 空间探针空间表达矩阵 · 组织坐标 · 邻域关系组织切片、空间热图、邻域网络
结构解析纯化样品 · 结构实验数据三维结构 · 原子坐标 · 结合界面球棍模型、表面模型、密度图
生物信息学分析原始数据 · 参考数据库注释结果 · 差异特征 · 关系网络流程图、矩阵、网络图、结果报告
队列研究研究人群 · 暴露与表型个体时间线 · 风险估计 · 亚组差异队列流程图、生存曲线、风险森林图
RNA 测序RNA 样本 · 文库转录本 · 表达矩阵 · 剪接事件表达热图、剪接图、火山图
长读长测序高分子量 DNA/RNA · 文库长读段 · 结构变异 · 单倍型读段跨度图、组装图、结构变异图
蛋白质组学蛋白质提取物 · 肽段蛋白鉴定 · 丰度矩阵 · 修饰位点蛋白丰度图、修饰位点图、通路网络
代谢组学血液或组织样本 · 提取物代谢物峰 · 相对丰度 · 代谢通路峰图、主成分图、通路图
类器官培养干细胞或组织细胞 · 培养基三维结构 · 细胞组成 · 功能反应三维成像、时间序列、处理对照
随机对照试验入组人群 · 干预方案组间差异 · 效应估计 · 不良事件试验流程图、效应森林图、时间曲线
流行病学研究病例定义 · 人群分母发生率 · 患病率 · 风险比人群趋势图、地图、分层比较
医学影像影像设备 · 成像协议像素或体素 · 病灶特征 · 分割结果切片、三维重建、分割叠加、轨迹图
宏基因组学环境或宿主样本 · DNA 文库物种组成 · 功能基因 · 代谢潜力分类组成图、功能热图、群落网络
