DATA / SHAPE

DATA

表达矩阵

Matrix

基因 × 细胞 × 表达量

VISUAL LANGUAGE

热图、聚类图、降维图

基因 × 细胞 × 表达量

CONTENT STATUS机器核验通过REVIEWED2026-07-20SOURCES2 个来源

CONTEXT / PATH

一条数据记录不是终点。沿着这条路径，可以回到方法，也可以继续进入关系和指标。

01 · METHOD

转录组单细胞组学

02 · DATA表达矩阵Matrix03 · GRAPH数据 → 特征从记录中提取可比较的特征04 · INDEX测量口径单位、范围与不确定性

PRODUCED BY

哪些方法会产生它？

转录组单细胞组学蛋白质组学

FIELDS

一条记录由哪些字段组成？

EXAMPLE / STRUCTUREMatrix

PUBLIC PORTAL / SAMPLE PATH按项目 / donor / assay 查询HCA 提供公开的单细胞与多组学项目入口，字段含义依赖项目元数据。核验：2026-07-26 · project-specific release打开 Human Cell Atlas Data Portal

字段含义示例

sample_id样本或实验批次标识sample_01

feature基因、蛋白或其他特征GENE_1042

value该特征的测量值4.82

condition实验条件或细胞状态treated

DIMENSIONS

它记录哪些维度？

样本
细胞
特征
丰度

QUALITY

需要保留什么质量信息？

缺失率
测序深度
批次效应
标准化

GOVERNANCE

使用这类数据前要确认什么？

UNITS / 量纲

单位与口径

表达值：counts / normalized value
样本：sample_id
细胞：cell_id

MISSING / 缺失

缺失值规则

未检测、低于检测限和技术缺失应分别编码，并保留原始测量状态。

PRIVACY / 隐私

隐私与访问

人体单细胞数据需遵循项目的同意、去标识化和访问条款。

INTERPRETATION

从原始记录到可分析结果

层级问题示例边界

原始记录仪器实际留下什么？基因 × 细胞 × 表达量先检查质量、缺失和批次。

分析特征可以比较什么？样本 · 细胞 · 特征 · 丰度特征不等于机制或诊断。

研究指标如何形成可定义的测量？单位、范围、时间窗口必须注明样本和适用人群。

RELATIONS

从数据进入下一层

特征原始数据如何成为可分析特征关系特征之间如何形成研究关系指标定义单位、范围和不确定性

SOURCES / EVIDENCE

来源与证据状态

机器核验通过

研究联盟数据库Human Cell AtlasHuman Cell Atlas Consortium 专业数据库NCBINational Library of Medicine

当前数据形态页是方法与数据的结构化入口；具体数据集、版本和下载地址仍需在来源中心逐条补充。

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TRACE / SOURCES

从数据形态回到来源入口

02 SOURCES

Human Cell AtlasHuman Cell Atlas Consortium · 访问日期待补

18 个站内内容节点 · 版本信息待核对

原始来源

NCBINational Library of Medicine · 访问日期待补

45 个站内内容节点 · 版本信息待核对

原始来源

追溯路径只说明“这条内容从哪里来、覆盖了什么”，不自动代表来源支持所有推断。阅读健康与医学内容时，还需同时核对研究人群、时间窗口和限制条件。

FORMATS可用格式

project TSV metadata · HCA matrix · contributor matrix

METADATA字段字典入口打开官方说明

TERMS许可与访问

HCA 项目可能有公开或受控访问条件，矩阵格式以项目页面为准。

CHECKSUM校验摘要

待实际抓取文件后记录